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所得税法施行令の一部改正が行われ、交通用具を使用している
給与所得者に支給する交通費の非課税限度額が
引き上げられました。

国税庁参考ページ

上記のとおり平成26年4月1日以降に支払われるものから
非課税限度額が変更になります。

既にに支払われた通勤手当については
改正前の非課税規定を適用したところで
所得税及び復興特別所得税の源泉徴収が行われていますので
改正後の非課税規定を適用した場合に過納となる税額は
本年の年末調整の際に精算することになります。

年末調整の計算をされる担当者の方はご注意ください。