従業員さんが交通違反を起こした場合でその負担を会社がした場合の取扱いを交通違反が業務中かどうかに分けて説明したいと思います。
●その交通違反が法人の業務遂行中に起きた場合
法人‥‥‥経費にすることができません。
（交通反則金は業務に遂行中に起きた場合でも経費にすることができないことになっています。）
従業員‥‥給与課税されません。
（業務遂行中ですので、法人が負担することに理由がありますので、給与課税されません。）
●その交通違反が法人の業務遂行中以外に起きた場合
法人‥‥‥経費にすることができます。
（従業員に対して給与を支払ったことと同じ性質になりますので、給与として経費にできます。）
（注）役員の場合には給与として経費にすることができません。
従業員‥‥給与課税されます。
（会社に交通反則金を支払ってもらったことになるので、給与課税されます。）
よくあるケースだと思いますので、参考にしてください！
